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Sequenzanalyse Algorithmen.pdf

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- Berechnung der q-gram-Distanz: O(σq + m + n), σ: Alphabetgröße, q: Länge des q-grams, m und n: Länge der Sequenzen
- WOTD-Algorithmus:
- Berechnung der Maximal-Matches-Distanz:
- Needleman-Wunsch-Algorithmus: O(n · m), m und n: Länge der Sequenzen
- Smith-Waterman-Algorithmus:
- Algorithmus für Alignment mit free end gaps:
- Gotoh-Algorithmus:
- Waterman-Eggert-Algorithmus:
- Sellers’ Algorithmus:
- Hirschberg-Algorithmus:
- Algorithmus, um einen String exakt in einem Suffixbaum zu finden:
- Algorithmus, um mit Hilfe eines Suffixbaums den kürzesten eindeutigen String zu finden:
- Algorithmus, um maximale Repeats mit einem Suffixbaum zu finden:
- Konstruktion des Suffixarrays pos, wenn der Suffixbaum gegeben ist:
- exakte Berechnung eines multiplen Alignments:
- Center-Star-Approximation:
- Divide-and-Conquer-Alignment-Algorithmus:
- Sankoffs Algorithmus:
- Fitch-Algorithmus:

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Description

- Berechnung der q-gram-Distanz: O(σq + m + n), σ: Alphabetgröße, q: Länge des q-grams, m und n: Länge der Sequenzen
- WOTD-Algorithmus:
- Berechnung der...

Technical Information

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