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Teaching:2015summer: 314blatt07.pdf

314blatt07.pdf
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Summary

Übungsblatt 7 zum Sequenzanalyse-Praktikum an der Universität Bielefeld, SoSe 2015, unter der Leitung von Dr. Roland Wittler und M.Sc. Linda Sundermann. Die Aufgaben sind in zwei Teile unterteilt:

Aufgabe 1 befasst sich mit der q-Gram-Distanz als Filter. Die Studierenden sollen eine Java-Klasse vervollständigen, die die q-Gram-Distanz und die Edit-Distanz zweier Strings berechnet und die Laufzeiten misst.

Aufgabe 2 beschäftigt sich mit De Bruijn-Graphen für die Assembly. Die Studierenden sollen Velvet herunterladen, kompilieren und verwenden, um ein Assembly durchzuführen. Sie sollen die Auswirkungen der Wahl der k-mer-Länge auf das Ergebnis des Assemblys untersuchen und die Ergebnisse vergleichen.

Die Abgabe ist bis Donnerstag, 24:00 Uhr, erforderlich. Die Übungen sollen die Fähigkeiten der Studierenden in der Sequenzanalyse und der Verwendung von Bioinformatik-Tools wie Velvet verbessern.

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Description

Übungsblatt 7 zum Sequenzanalyse-Praktikum an der Universität Bielefeld, SoSe 2015, unter der Leitung von Dr. Roland Wittler und M.Sc. Linda Sundermann.

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